איסור כלאיים בעץ פרי הוא בהרכבתו, היינו בהרכבת עץ פרי מסוג אחד על עץ מסוג אחר, אבל מותר להרכיב שני זנים של אותו מין זה על זה. כיוון שהאיסור נעשה בעץ ולא באדמה, שלא כמו בכלאי זרעים, איסור זה חל גם בחוץ לארץ, ויש אומרים שחל גם על בני נח (נוכרים). למרות שפעולת הזריעה או ההרכבה אסורה, הפירות הגדלים מאיסור כלאי זרעים או כלאי אילן מותרים באכילה. כפי הנראה, התורה באה ללמדנו באיסור כלאיים לכבד את השוֹנוּת שבין המינים, שלא לערבם באופן שפוגע ביכולתו של כל מין לחיות או לצמוח כפי טבעו. אמנם הכלאה גנטית מותרת, מפני שאין מדובר בחסימת מין בדרך צמיחתו, אלא ביצירת מין חדש.
