מצווה יש בלימוד המדעים, מפני שכל מדע מבטא צד מסוים בחוכמה האלוהית. אמנם ישנו הבדל יסודי בין לימוד התורה ללימודי מדע: בלימוד התורה כל ישראל חייבים, מפני שהוא מתקן את האדם והעולם ועושה אותם טובים יותר מבחינה מוסרית. אולם את שאר החוכמות אין חובה ללמוד, אלא שהלומדן מתוך הכרה שהן משקפות את החוכמה האלוהית – מקיים מצווה. וככל שלימודן נעשה מתוך התקשרות עמוקה יותר לתורה, כך יש ערך גדול יותר בלימודן, שמסייע להבנת התורה באופן רחב ועמוק.
ההבדל בין החוכמות בא לידי ביטוי בבית המקדש. ב'קודש הקודשים' היה מונח הארון ובו התורה ולוחות הברית, ואילו ב'קודש' היתה המנורה שרמזה לשאר החוכמות (להלן יט, ב-ה). ללמדנו שכאשר החוכמות השונות נלמדות לשם שמיים – אף בהן יש קדושה, אלא שאינה במדרגת הקדושה של התורה. לכן החוכמות השונות נקראות 'חוכמות חיצוניות' לעומת חוכמת התורה שהיא החוכמה הפנימית, ותפקידה להדריך את כל החוכמות. בדרך כלל קוראים ללימוד המדע 'לימודי חול', לעומת לימודי התורה שנקראים 'לימודי קודש'.
